Pilař gia nhập Plzeň dưới dạng cho mượn từ Hradec Králové vào đầu mùa 2011-12 của giải vô địch quốc gia Séc.[4]

Sau khi từ chối ký hợp đồng với Plzeň vào tháng 11 năm 2011, Pilař được cho là đã nhận lời đồng ý gia nhập câu lạc bộ VfL Wolfsburg của Đức.[4] Tháng 11 năm 2012, có thông tin cho hay Pilař sẽ gia nhập VfL Wolfsburg vào mùa hè nhưng ở tại Cộng hòa Séc để tập luyện hướng tới Giải vô địch bóng đá châu Âu 2012.[5]

Anh bị chấn thương ở mùa hè 2012 và không chơi một trận đấu nào cho Wolfsburg ở mùa 2012–13.[6] Mùa hè năm 2013, Pilař đầu quân cho SC Freiburg dưới dạng cho mượn.[7] Sau khi phải ngồi ngoài 14 tháng, Pilař trở lại tập luyện vào tháng 10 năm 2013 trong một trận đấu giao hữu của Freiburg chạm trán câu lạc bộ Sandhausen của 2. Bundesliga.[8]